航交所为交通运输部指定的全国唯一运价备案受理机构，承担了全国各口岸国际集装箱班轮企业、无船承运业务经营者、台湾海峡两岸间集装箱班轮运输企业和国内水路班轮运输企业的运价备案受理工作。

　　国际集装箱班轮运价备案制度自2009年8月正式实施，截至2023年底，航交所共计受理国际集装箱班轮企业备案运价近7.8亿条，备案企业140余家。
　　无船承运业务经营者运价备案制度自2010年12月正式实施，截至2023年底，航交所共计受理无船承运业务经营者备案运价9420.4万余条，备案企业20000余家。
　　台湾海峡两岸间集装箱班轮运价备案制度自2013年3月正式实施，截至2023年底，航交所共计受理台湾海峡两岸间集装箱班轮企业备案运价551.3万余条，备案企业28家。
　　国内水路集装箱班轮运输备案制度自2014年7月正式实施，截至2020年底，航交所共计受理国内水路集装箱班轮企业备案运价、船舶、航线、船期5.4万余条，备案企业148家。

　　航交所制订备案操作指南，受理运价信息，提供技术保障，配合交通主管部门实施运价检查，在市场监管工作中不断探索，为维护国际集装箱运输市场公平竞争秩序和环境，保障运输各方当事人合法权益积极努力。